ネットショップ「STORES」の売上データをマネーフォワード確定申告に自動連携する手順【2026年最新】

ネットショップSTORESを運営する多くの個人事業主やスモールビジネスオーナーにとって、日々の売上管理と年に一度の確定申告は、悩みの種ではないでしょうか。

売上が伸びるほど、経理作業は複雑になり、貴重な時間を奪っていきます。

「この面倒な作業、もっと自動化できたら…」と感じたことは一度や二度ではないはずです。

実は、その悩み、STORESと「マネーフォワードクラウド確定申告」を連携させることで、劇的に解決できます。

この記事では、2026年1月現在の最新情報に基づき、STORESの売上データをマネーフォワードクラウド確定申告に自動で取り込む具体的な手順と、連携をさらに活用するためのコツを、初心者の方にも分かりやすく徹底解説します。

手作業による入力ミスや時間の浪費から解放され、より本質的なビジネス活動に集中するための第一歩を、この記事と共に踏み出しましょう。

なぜSTORESとマネーフォワードの連携が最強なのか？自動連携の3大メリット

STORESとマネーフォワードクラウド確定申告の連携は、単に「楽になる」だけではありません。事業を成長させる上で欠かせない、3つの大きなメリットをもたらします。なぜこの組み合わせが多くのオーナーに選ばれているのか、その理由を深掘りしていきましょう。

メリット1: 確定申告にかかる手間と時間を圧倒的に削減

まず最大のメリットは、確定申告に関わる作業時間の大幅な短縮です。連携をしない場合、以下のような手作業が発生します。

STORESの管理画面から売上データをCSVでダウンロードする。
CSVデータを会計ソフトの形式に合わせて編集する。
一件ずつ手入力、もしくはCSVをアップロードして仕訳を登録する。
決済手数料や振込手数料などを別途計算し、経費として計上する。

これらの作業は、取引件数が増えるほど膨大な時間と手間がかかり、入力ミスや計上漏れのリスクも高まります。しかし、API連携を使えば、日々の売上データ、決済手数料、さらにはSTORESからの入金情報までが自動でマネーフォワードに取り込まれ、仕訳候補として表示されます。あなたは、その内容を確認して承認ボタンを押すだけ。これまで何時間もかかっていた作業が、数分で完了するのです。この効率化によって生まれた時間を、商品開発やマーケティングなど、売上を伸ばすための活動に充てられます。

メリット2: 正確な経営状況をリアルタイムで可視化

手作業での経理では、どうしても月末や期末にまとめて作業することになりがちです。これでは、「今月、どれくらいの利益が出ているのか」「どの商品が好調なのか」といった経営状況をリアルタイムで把握することが困難です。
STORESとマネーフォワードを連携させれば、売上データが日々自動で更新されるため、いつでも最新の経営数値をグラフやレポートで確認できます。スマートフォンアプリからもアクセスできるため、外出先でも手軽にキャッシュフローや利益率をチェック可能です。
データに基づいた迅速な意思決定（例えば、好調な商品の在庫を増やす、利益率の低い商品の価格を見直すなど）が可能になり、どんぶり勘定から脱却した、戦略的な事業運営へとシフトできます。

メリット3: API連携による高いセキュリティと将来性

データの連携方法には、手動でのCSVアップロードと、システム同士が直接通信するAPI連携があります。CSVアップロードは、ファイルの管理が煩雑になりがちで、誤ったファイルをアップロードしたり、PCの紛失による情報漏洩のリスクが伴います。
一方、API連携は、暗号化された通信で安全にデータがやり取りされるため、セキュリティ面で非常に優れています。
（私の視点）さらに重要なのは、STORESもマネーフォワードも、外部サービスとのAPI連携を事業戦略の柱の一つと位置付けている点です。これは、今後も両社のサービスが続く限り、連携機能が安定して提供され、さらなる機能改善（例えば、より詳細なデータの取得など）が期待できることを意味します。一度設定すれば、将来にわたって安心して使い続けられる。この安定感と将来性も、API連携を選ぶべき大きな理由です。

【図解】STORESとマネーフォワードクラウド確定申告の連携設定完全ガイド

ここからは、実際にSTORESとマネーフォワードクラウド確定申告を連携させる具体的な手順を、画面のイメージを交えながらステップバイステップで解説します。設定は5分ほどで完了しますので、ぜひ一緒に進めてみましょう。

ステップ1: 事前準備 – 必要なアカウントを揃える

連携を始める前に、以下の2つのアカウントが必要です。

STORESのアカウント: 正常に連携するため、管理画面にログインできる状態にしておきましょう。
マネーフォワードクラウド確定申告のアカウント: これから連携設定を行うメインのサービスです。

もしまだマネーフォワードクラウド確定申告のアカウントをお持ちでない方は、まずは無料プランからでも始められます。この機会に登録してみてはいかがでしょうか。

＞＞マネーフォワードクラウド確定申告の無料登録はこちら

プランの選び方や、そもそも「マネーフォワードクラウド確定申告で何ができるの？」と疑問に思う方は、別記事で詳しく解説していますので、そちらもぜひ参考にしてください。

ステップ2: マネーフォワードで「STORES」を連携サービスとして選択

マネーフォワードクラウド確定申告にログインし、左側メニューから「データ連携」＞「新規登録」をクリックします。
連携サービスの一覧が表示されるので、検索窓に「STORES」と入力して検索します。
検索結果に「STORES」が表示されたら、それをクリックします。

これで、STORESと連携するための設定画面が開きます。

ステップ3: STORESアカウントで認証を行い、連携を許可する

マネーフォワードの画面に表示される「STORESと連携する」ボタンをクリックします。
自動的にSTORESのログイン画面（または認証画面）に移動します。
STORESのメールアドレスとパスワードを入力してログインします。
「マネーフォワードクラウドにデータへのアクセスを許可しますか？」といった内容の確認画面が表示されるので、内容を確認し、「連携を許可する」または「承認する」ボタンをクリックします。

認証が成功すると、自動でマネーフォワードの画面に戻ります。これで、システム間の接続は完了です。

ステップ4: データ取得開始日を設定し、連携完了

マネーフォワードの画面に戻ると、データ取得の設定画面が表示されます。
「取得開始日」を選択します。通常は、会計期間の開始日（個人事業主なら1月1日）に設定するのがおすすめです。
「連携登録」ボタンをクリックします。

以上で、すべての設定は完了です。「データ取得中です」というメッセージが表示され、しばらくするとSTORESの売上データなどが自動で取り込まれ始めます。初回のデータ取得には数時間かかる場合もありますので、気長に待ちましょう。データ取得が完了すると、ホーム画面や仕訳帳に通知が表示されます。

連携後の注意点と、経理を「完全自動化」に近づける活用術

連携設定が完了しただけで満足してはいけません。ここから少し手を加えることで、経理業務をさらに効率化し、「ほぼ自動」の状態を作り出すことができます。連携後に必ずチェックしたいポイントと、一歩進んだ活用術をご紹介します。

活用術1: 「自動仕訳ルール」を登録して入力の手間をゼロに

連携直後のデータは、勘定科目が空欄だったり、意図しない科目に設定されていたりすることがあります。これを毎回手で修正するのは非効率です。
そこで活用したいのが「自動仕訳ルール」機能です。これは、「特定の取引内容のデータが取り込まれたら、自動でこの勘定科目を適用する」というルールを設定できる機能です。

例えば、以下のようなルールを登録しておくと非常に便利です。

取引内容に「STORES売上」と含まれていたら → 勘定科目を「売上高」にする
取引内容に「決済手数料」と含まれていたら → 勘定科目を「支払手数料」にする
取引内容に「振込手数料」と含まれていたら → 勘定科目を「支払手数料」にする

この設定は、一度仕訳を登録する際に「自動仕訳ルールを登録」にチェックを入れるだけで簡単に行えます。一度設定してしまえば、次回以降、同じ内容の取引は自動で正しい仕訳が作成されるため、あなたは内容を確認するだけで済みます。これを繰り返すことで、会計ソフトがあなたのビジネスを学習し、どんどん賢くなっていきます。

活用術2: 入金サイクルを理解し、「売掛金」を正しく消し込む

STORESからの入金は、売上発生時ではなく、月の締め日以降に、各種手数料が差し引かれた金額で振り込まれます。会計上、この流れを正しく処理することが重要です。
マネーフォワードでは、この処理も半自動化できます。

日々の売上は、API連携によって自動で「売掛金 / 売上高」として仕訳されます。
STORESから銀行口座に入金があった際、その入金データも銀行連携によって自動で取り込まれます。
マネーフォワードの「かんたん仕訳」画面でこの入金データを選択すると、「売掛金の消込」という候補が表示されます。
これを選択し、どの売上に対する入金なのかを紐づけることで、「普通預金 / 売掛金」という消込仕訳が完了します。

この「売掛金の消込」をきっちり行うことで、未回収の売上がないか、入金額に間違いがないかを正確に管理できるようになります。これは、正確な月次決算とキャッシュフロー管理に不可欠な作業です。

注意点: もし連携がうまくいかない時は？

まれに、「データが更新されなくなった」「認証エラーが表示される」といったトラブルが発生することがあります。そんな時は、慌てずに以下の点を確認してみてください。

再連携を試す: マネーフォワードの連携設定画面から、一度STORESの連携を解除し、再度設定し直すと解決することがあります。
STORESのパスワード変更: STORES側のパスワードを変更した場合、マネーフォワード側でも再認証が必要です。
公式ヘルプを確認: マネーフォワードやSTORESの公式ヘルプページに、同様の事象に関する解決策が掲載されている場合があります。
サポートに問い合わせる: 上記で解決しない場合は、マネーフォワードのサポートセンターに問い合わせましょう。具体的な状況を伝えれば、解決策を提示してくれます。

まとめ：面倒な経理作業から解放され、ビジネスを加速させよう

この記事では、ネットショップSTORESとマネーフォワードクラウド確定申告を連携させ、日々の売上管理と確定申告を自動化する具体的な手順と活用術を解説しました。

最後にもう一度、連携のメリットを振り返ってみましょう。

確定申告の手間と時間を劇的に削減できる。
リアルタイムで正確な経営状況を把握し、迅速な意思決定に繋げられる。
安全なAPI連携により、安心してデータを管理できる。

STORESとマネーフォワードの連携は、もはや単なる経理の効率化ツールではありません。日々の雑務からあなたを解放し、事業の成長という本来の目的に集中させてくれる、強力なビジネスパートナーです。

まだ導入を迷っている方も、設定は驚くほど簡単です。まずは無料プランからでも、その効果を体験してみてはいかがでしょうか。面倒な確定申告の準備は、今年で終わりにしましょう。

＞＞マネーフォワードクラウド確定申告で経理の自動化を始める

マネーフォワードクラウド確定申告の機能や料金プランについて、より深く知りたい方は、こちらの総合ガイド記事もあわせてご覧ください。