日本政策金融公庫の返済を元本と利息に自動仕訳｜個人事業主の設定手順

※本記事にはアフィリエイト広告（PR）が含まれます。

※なお税務の取り扱いは事業実態によって異なるため、最終的な判断は顧問税理士へご相談ください。

結論から言うと、日本政策金融公庫からの融資返済を「元本」と「支払利息」に正しく分けるには、マネーフォワード クラウド確定申告の「振替伝票」で1回の引き落としを2つの勘定科目に分割し、公庫の「ご返済予定表」を見ながら毎月の利息額だけを手で補正するのが最適解です。銀行の自動連携データには元本・利息の内訳が含まれないため、連携だけに頼ると返済額が丸ごと「借入金」として処理され、経費にできる支払利息が漏れてしまいます。

本記事では、私自身が日本政策金融公庫の創業融資（800万円・据置6ヶ月・返済期間7年）を実際に返済している経験に基づき、2026年6月時点の最新画面で「元本」と「支払利息」を分けて記帳する具体的な設定手順を解説します。会計ソフト選びそのものに迷っている方は、マネーフォワード クラウド確定申告の使い方や料金プランをまとめた完全ガイドもあわせてご覧ください。

なぜ事業融資の返済仕訳は「自動連携だけ」では完結しないのか

マネーフォワード クラウド確定申告は、銀行口座やクレジットカードと連携することで入出金データを自動で取り込み、AIが勘定科目を推測してくれる優秀なツールです。私自身、領収書の山と格闘していた紙の確定申告時代と比べ、決算作業にかかる時間が約8割削減されました。

しかし、この自動連携機能には一つ大きな盲点があります。それが「事業性ローンの返済仕訳」です。

銀行データには「内訳」が記録されていない

日本政策金融公庫からの返済は、毎月指定の銀行口座から自動引き落としされます。たとえば返済額が月額10万円だった場合、銀行の取引明細には「ニホンセイサクキンユウコウコ 100,000円」とだけ記録されます。

マネーフォワードはこのデータを取り込みますが、この10万円のうち「いくらが元本返済（＝借入金の減少）」で「いくらが支払利息（＝経費）」なのかという内訳情報は、銀行データには一切含まれていません。結果として、何も設定しなければ全額が「借入金」として処理され、本来経費計上できる支払利息が漏れてしまうのです。

放置すると年間数万円の節税機会を失う

具体的な数字で見てみましょう。日本政策金融公庫の新規開業資金は、2026年6月時点の基準利率でおおむね年2.0%〜3.0%前後で推移しています（金利は資金種類・信用状況により変動するため、正確な数値はご自身の契約書・返済予定表をご確認ください）。仮に800万円を7年返済で借りた場合、初年度の支払利息は約16万円〜18万円にのぼります。

この支払利息を経費計上し忘れると、所得税・住民税・国民健康保険料の合計負担率を仮に30%とした場合、年間で約5万円前後の余計な税負担が発生する計算になります。返済が続く限り毎年積み重なるため、見過ごせない金額です。

融資元本の「返済」は経費にならないという基本原則

元本返済とは、借入時に「借入金（負債）」として計上した金額を、返済によって減らしていく行為のことです。お金が出ていく点では経費と似ていますが、会計上の経費（損金）にはなりません。経費になるのは、お金を借りた利用料としての「支払利息」のみです。

この区別を仕訳上で明確にしておかないと、税務調査の際に指摘されたり、決算書の借入金残高が実態と合わなくなったりするリスクが生じます。私の周囲の個人事業主にも、開業初年度に全額を「借入金返済」として処理してしまい、後から修正申告したケースが複数あります。

元本と支払利息を自動分割する具体的な設定手順

ここからは、マネーフォワード クラウド確定申告での実際の設定手順を、私が普段使っている画面に沿って解説します。所要時間は初回設定で約20分、2ヶ月目以降は1分程度で済みます。

ステップ1：返済予定表を手元に準備する

まず最初にやることは、日本政策金融公庫から融資実行時に郵送される「ご返済予定表」を手元に用意することです。返済予定表には、毎月の「返済日」「返済額（元金＋利息）」「元金部分」「利息部分」「返済後残高」が一覧表示されています。元金均等返済の場合、元金部分は固定ですが、利息部分は残高減少に応じて毎月少しずつ減っていきます。この「毎月変動する利息額」こそが、自動仕訳を完全自動化できない原因です。

紙の返済予定表が見当たらないときは、オンラインで即日入手するのが早道です。日本政策金融公庫のインターネットサービス（国民生活事業の利用者向け「ダイレクト」／いわゆる“e-お借入”系のマイページ）にログイン済みであれば、返済予定表のPDFを2〜3分で再取得できます。手順の目安は次のとおりです。

• 公庫の公式サイト上部「インターネットサービス（ログイン）」から利用者向けマイページにアクセスする
• ログインに必要な「お客様番号」は、毎月届く返済通知書（口座振替のお知らせ）や契約書類の表面に記載されている
• ログイン後、「ご返済内容の照会」→「返済予定表（償還予定表）の照会・ダウンロード」メニューからPDFを取得する

※利用できるサービス名・メニュー構成は契約した資金種類や時期によって異なります。オンラインで取得できない場合は、融資担当支店に電話すれば無料で再発行してもらえます（私が依頼したときは郵送で約1週間でした）。当日中に仕訳を終えたいときは、まずオンライン取得を試すのがおすすめです。

ステップ2：勘定科目に「長期借入金」と「支払利息」を準備

マネーフォワード クラウド確定申告にログインし、左メニューの「各種設定」→「勘定科目」を開きます。デフォルトで「長期借入金（負債）」と「支払利息（費用）」は登録されていますが、補助科目を追加しておくと管理が格段に楽になります。

• 長期借入金 → 補助科目「日本政策金融公庫」を追加
• 支払利息 → 補助科目「日本政策金融公庫」を追加

複数の融資を受けている場合（私は公庫と地元信用金庫の2本立てです）、補助科目を金融機関名で分けておくことで、決算時に借入金別の残高確認が一瞬でできます。これは10年の経理実務で得た、最も効率化に貢献する小ワザの一つです。

ステップ3：自動仕訳ルールを「振替伝票」形式で登録

振替伝票とは、1つの取引を複数の勘定科目に分けて記帳するための入力形式です。マネーフォワードの自動仕訳ルールは通常「1取引＝1仕訳」で処理されますが、返済仕訳のように1つの引き落としを2科目（元本＋利息）に分ける場合は、この振替伝票を使います。

左メニューの「自動で仕訳」→「連携サービスから入力」を開くと、銀行から取り込まれた「ニホンセイサクキンユウコウコ 100,000円」の取引が表示されます。この取引を選択し、画面右側の「振替伝票で登録」ボタンをクリックします。振替伝票画面では、以下のように借方を2行に分けて入力します（返済額10万円のうち元本87,500円・利息12,500円の場合）。

• 借方：長期借入金（補助：日本政策金融公庫）87,500円 ／ 貸方：普通預金 100,000円
• 借方：支払利息（補助：日本政策金融公庫）12,500円

借方合計（87,500＋12,500＝100,000円）と貸方（100,000円）が一致していればOKです。

ステップ4：仕訳辞書に登録して翌月以降を効率化

初回の振替伝票を登録したら、画面下部の「仕訳辞書に登録」にチェックを入れます。これで翌月以降、同じ「ニホンセイサクキンユウコウコ」からの引き落としが取り込まれた際、ワンクリックで同じ振替伝票形式の仕訳が呼び出せるようになります。

あとは毎月、返済予定表を見ながら元本部分と利息部分の金額だけを修正すればOK。私の場合、月初の経理タイムでこの作業に費やすのは1〜2分程度です。

ステップ5：年に一度、年間返済予定額と整合性チェック

確定申告前の12月末に、必ず行うべき作業があります。それは「貸借対照表の長期借入金残高」と「公庫返済予定表の年末残高」が一致しているかの確認です。マネーフォワードのレポート機能から「貸借対照表」を表示し、長期借入金（補助：日本政策金融公庫）の金額が返済予定表の年末残高と一致していれば、仕訳は正確に計上されています。

もしズレている場合、特定月の振替伝票で元本と利息の金額を取り違えている可能性が高いので、月別仕訳帳をさかのぼってチェックします。私も最初の年、5月分の元本と利息を逆に入力していたミスを年末に発見し、冷や汗をかいた経験があります。なお、この年末作業は売掛金など他の科目でも「期ずれ」を防ぐ要になります。請求と入金が年をまたぐ場合の扱いは、年をまたぐ請求書の売掛金処理と期ずれ防止のガイドで詳しくまとめています。

【元金均等 vs 元利均等】返済方式別の仕訳数値と毎月の元本・利息の推移

振替伝票に入力する金額は、返済方式によって読み取り方が変わります。日本政策金融公庫の融資では元利均等返済（毎月の返済総額が一定）が採用されるケースが多く、この場合は返済が進むほど元本部分の比率が増えていきます。自分の返済予定表のどの数字を入力すればよいか迷わないよう、典型的な推移を表にしました。

下表は「800万円・年2.0%・7年（84回）・元利均等返済」の概算シミュレーションです（毎月返済額 約101,795円）。実際の金額は必ずご自身の返済予定表の「元金部分」「利息部分」の列から転記してください。

このように元利均等では返済総額（101,795円）は一定でも、内訳は「利息13,333円→8,000円→2,200円」と毎月減り、その分だけ元本部分が増えます。振替伝票では返済総額（貸方）は固定でよく、借方の2行（元本・利息）の金額だけを毎月差し替えるのが運用のコツです。元金均等返済（元本部分が固定で総返済額が毎月減る方式）の場合は、逆に元本を固定したまま利息と総額を調整します。どちらの方式でも利息は毎月変動するため、振替伝票での手動補正は必須です。

据置期間中（元本ゼロ）の仕訳はどうする？特殊ケースの振替伝票

創業融資では、当初数ヶ月〜1年の据置期間（元本返済の猶予期間）が設定されることがあります。私の融資も据置6ヶ月でした。据置期間とは、元本の返済を一時的に猶予し、利息のみを支払う期間のことです。この期間はステップ3の振替伝票をそのまま使うと借入金残高が誤って減ってしまうため、注意が必要です。

据置期間中は「利息のみ」が引き落とされるため、借入金は減りません。したがって振替伝票は1行だけで登録します（例：据置中の利息が月12,500円の場合）。

• 借方：支払利息（補助：日本政策金融公庫）12,500円 ／ 貸方：普通預金 12,500円
• ※長期借入金の行は入力しない（元本が減らないため）

そして据置終了月＝元本返済が始まる月に、仕訳辞書を「借方2行構成（長期借入金＋支払利息）」へ切り替えます。切替えのタイミングと金額は、返済予定表で「元金部分」に初めて金額が入る行を確認すればわかります。私はこの切替えを忘れて据置明け1ヶ月目を利息だけで登録しかけたので、返済予定表に元本の数字が登場した月＝振替伝票を2行に戻す月とメモしておくことを強くおすすめします。

繰上返済（随時返済・一括完済）したときの仕訳と仕訳辞書の更新

資金に余裕ができて繰上返済（随時返済）を実施した月は、通常の月次返済とは別に、追加で元本を減らす仕訳が必要になります。ここを処理し忘れると、長期借入金残高が返済予定表とズレてしまいます。

たとえば、ある月に通常返済10万円（元本87,500円・利息12,500円）に加えて、繰上返済で元本を50万円多く返した場合の振替伝票は次のようになります。

• 借方：長期借入金（補助：日本政策金融公庫）587,500円 ／ 貸方：普通預金 600,000円
• 借方：支払利息（補助：日本政策金融公庫）12,500円

※元本87,500円＋繰上返済50万円＝587,500円を長期借入金の借方に計上し、貸方は実際に引き落とされた合計額（600,000円）にします。繰上返済の手数料が別途かかる場合は「支払手数料」の行を追加します。

繰上返済後にやるべき最重要作業が、翌月以降の元本金額の修正です。繰上返済で残高が減ると、翌月からの利息・元本配分が変わります。公庫に繰上返済を申し込むと新しい返済予定表（残高再計算後）が発行されるので、その新しい数値に合わせて、マネーフォワードの「各種設定」→「仕訳辞書」から該当の辞書を開き、編集ボタンで元本・利息の金額を上書き保存します。保存後は次月の取り込み時に新しい金額が呼び出されることを必ず確認してください。この更新を怠ると、古い元本金額のまま登録が続き、年末の残高照合でズレが発覚します。

料金プラン別｜振替伝票・仕訳辞書機能の利用可否

「振替伝票で登録」ボタンや「仕訳辞書」が画面に見当たらない場合、操作ミスではなく料金プラン起因の制限であることがあります。マネーフォワード クラウド確定申告（個人向け）の主なプランと、本記事の手順に必要な機能の対応関係を整理しました（私が契約画面で確認した2026年6月時点の内容です。最新の仕様・料金は必ず公式でご確認ください）。

ポイントは、無料のお試し登録では仕訳件数に上限があり、毎月の返済仕訳を継続記帳する本格運用には向かないことです（料金は2026年5月時点の公式料金プランに基づきます）。振替伝票・仕訳辞書・補助科目はパーソナルミニ以上の有料プランで問題なく使えるため、事業融資を返済中の個人事業主はパーソナル以上を選んでおくと安心です。なお家事按分など他の機能もプランで使える範囲が異なります。按分機能のプラン差については二拠点生活の経費按分とマネーフォワードの設定術で比較表を交えて解説しています。

他の会計ソフトとの比較とマネーフォワードを選ぶ理由

事業融資の返済仕訳について、主要な個人事業主向け会計ソフトを比較します。私自身、過去に弥生青色申告オンラインとfreeeを試した上でマネーフォワードに落ち着いた経験から、客観的に評価します。

マネーフォワードを推奨する最大の理由は、振替伝票が複数行の借方・貸方を直感的に入力でき、しかもそれを仕訳辞書に保存して翌月以降1クリックで再現できる点です。freeeは「取引」概念が強く、振替伝票的な処理がやや回りくどく感じました。料金プランの詳細や個人事業主向けの選び方については、マネーフォワード確定申告の料金・評判をプロが検証した記事を参考にしてください。なお、いきなり有料契約に踏み切るのが不安な方は、お友達紹介キャンペーンを使ってお得に始める手順もチェックしておくと無駄がありません。

※ 以下のリンクは広告/PR を含みます。

マネーフォワード クラウド確定申告の無料お試しは、こちらの公式サイトから1ヶ月体験できます。

まとめ：毎月1分の作業で年間数万円の節税を実現する

日本政策金融公庫からの事業融資返済は、銀行連携だけでは正しく仕訳できません。返済予定表を手元に置き、マネーフォワードの振替伝票機能と仕訳辞書を組み合わせることで、毎月わずか1分の作業で「元本」と「支払利息」を正確に分離できます。据置期間中は利息のみ1行、元本返済開始で2行へ、繰上返済時は仕訳辞書の更新を——この3つの切替えポイントさえ押さえれば運用は盤石です。

次のアクションとして、まず公庫の返済予定表（オンライン取得でもOK）を準備し、マネーフォワードに「長期借入金」と「支払利息」の補助科目を登録するところから始めてください。初月の振替伝票登録さえ済ませれば、あとは毎月のルーティン作業として定着します。会計ソフトの導入をまだ検討中の方は、無料体験から試してみることをおすすめします。